El ninja regresa sin máscara. Traicionado por su propio clan, Lin Kuei, rompe los códigos sagrados de honor al abandonar su clan y es marcado por la muerte. Pero sus perseguidores ya no son ninjas, sino máquinas. No solo debe defenderse de la amenaza de Outworld, sino que también debe eludir a sus asesinos sin alma.

Para Mortal Kombat 3, el personaje de Sub-Zero fue protagonizado por John Turk, Tobias dijo que la decisión de que Sub-Zero no tuviera máscara en Mortal Kombat 3 fue para despertar la especulación de los fanáticos sobre la historia detrás del personaje. El nuevo look hizo debut oficial en la portada de la edición GamePro de abril de 1995, con un atuendo rojo que más adelante sería teñido digitalmente de azul para el juego final. Sub-Zero presenta una cicatriz en la frente y en el ojo derecho como marca de la muerte.
Al inicio la congelación clásica se omitió originalmente en el tercer juego y fue remplazada por "Ice Shower", pero se regresó en la próxima revisión después de los comentarios negativos de los fanáticos en una sala de arcade local. A pesar de ser considerado unos de los personajes más populares de la serie, la versión sin mascara de Sub-Zero fue clasificada como el tercer peor personaje de Mortal Kombat.