Shang Tsung es el hechicero principal de Shao Kahn. Una vez cayó en desgracia con su emperador después de no poder ganar el Gran Torneo Shaolin en la Tierra. Pero él siempre maligno Shang Tsung es clave esencial en la conquista de Kahn hacia la Tierra. Ahora le ha sido otorgado mucho más poder que nunca.

Shan Tsung regresa en esta tercera entrega, pero siendo el actor estadounidense John Turk el encargado de personalizar al personaje, esta vez con una apariencia más joven, cabello largo y cola de caballo.
Tsug regresa con su movimiento de transformarse en cualquier personaje jugable a voluntad. La versatilidad de su proyectil de cráneo también se amplía: puede convocar cráneos desde arriba o debajo del oponente, así como disparar múltiples cráneos de sus manos.